鉄道博物館（さいたま市）の展示車両として保存。（2007年10月14日開館）
JR貨物広島車両所で保存。
2008年10月26日に広島市内で開催されたJR貨物広島車両所のイベントで運用離脱したはずの1号機が国鉄色に復元され展示された。
以降、毎年同イベントで展示されている。（新型コロナインフルエンザ流行中はイベントが自粛され開催されていない。）
国鉄型に復元された１エンド。
新更新色の２エンド。
1号機は旧更新色をもって運用離脱していたが、このイベントのためにほぼ原色状態に塗装し直され、片方のエンドは国鉄型（原型）に、もう一方は新更新型として修繕され展示された。
今後も同車両所で保存されるとみられている。
また、2018年の同所のイベントでは引退していた30号機も展示されたが、30号機は後に解体された。
嵯峨野観光鉄道で１エンド側の先頭部分のみ保存。
2010年9月18日に南福井へと回送された45号機と49号機は、2011年3月1日にオープンした嵯峨野観光鉄道「ジオラマ京都JAPAN」（トロッコ嵯峨駅）に展示。
※両機とも運転席後ろまでのカットモデル
ジオラマ京都JAPAN・・・縦12.3m×横17.3m、地下の留置線を含めると総面積は285.15平方m、路線の長さは2.7km、車両は約800台という日本最大級の鉄道ジオラマ。
ジオラマの情景では実際の京都の建造物を再現してある箇所も多々見られる。
詳細は嵯峨野観光鉄道の公式サイトをご覧ください。
45号機と49号機はジオラマ室の壁面に並べて展示してある。
ブルートレインを牽引していた頃を思い出させる。
45号機の区名札には嵯峨野観光鉄道の「嵯」の札が。
ちなみに49号機は「関」であった。
憧れのEF66の運転席。
ここから実際の操作と同様の手順でHOゲージのEF66を運転することが可能。
後付けされているモニターから実際の模型運転台から見た様子が映し出される。
EF66の操作に関しては、嵯峨野観光鉄道の職員の方が横に立ち説明してくださるので心配御無用。
子どもには分かり易く簡潔に、鉄道ファンにはそれなりにマニアックな説明をされる（笑）
こちらが実際の運転台から操作するEF66。もちろんブルートレイン牽引だ。
2016年4月29日にオープンした京都鉄道博物館で展示されている。
35号機はJR貨物所属時に、JR貨物更新色（旧色）を経て新更新色となっていたが、博物館に展示されるにあたり原色に戻された。
機関車の直下に通路があり、床下機器を確認することが出来る。
10号機はカットモデルとして展示されていて、運転台に触れる事が可能だ。
EF66入門 ・・・もくじ・・・
その1 〜0番代、一次車と二次車の区分など〜
その2 〜100番代登場と、0番代の更新工事〜
その3 〜ＪＲ貨物新更新機登場〜
その4 〜原色復活！？〜
その5 〜廃車について〜
その6 〜EF66の保存について〜
その７ 〜EF66、晩年の活躍シーン〜
